26 августа 1963 года Калининградский горисполком принял решение № 405 «Об отводе земельного участка горздравотделу для строительства городской больницы на 480 коек». И только в 1971 году приступили к работе, продолжавшейся 10 лет. Это был «метод народной стройки».
В апреле 1980 года первым завершено строительство здания поликлиники.
Первым главным врачом Межрайонной поликлиники назначена
Лира Александровна Вишневская, а с 1984 года, в течение 20 лет ее возглавляла
Элеонора Сергеевна Попович. За это время поликлиника была хорошо укомплектована и выполняла огромную работу по оказанию помощи населению Балтийского и Московского районов.
Строительство стационара продолжалось.
В марте 1980 года работу по строительству больницы возглавил
Александр Матвеевич Алексеев, который стал первым главным врачом больницы.
Хирург высшей категории, главный внештатный хирург города Калининграда, стал прорабом. Он занимался строительством, комплектованием огромной больницы, как имуществом, так и кадрами. Под его руководством сформированы службы, отделения, создан сплоченный коллектив. В декабре 1981 года введен в строй главный корпус стационара. Днём открытия больницы стало
14 декабря 1981 года. В этот день в новом здании начали работу неврологическое, офтальмологическое и ЛОР -отделения, клинико-лабораторное отделение, отделение лучевой диагностики. Больница начала оказывать медицинскую помощь не только жителям Балтийского района, но и всего региона.
С 1997 по 2014 год коллектив возглавляла
Татьяна Николаевна Серых, Заслуженный врач России, организатор здравоохранения высшей категории. За годы ее руководства больницей внедрены новые организационные и экономические методы управления, интенсивно внедрялись новые высокоинформативные диагностические и лечебные методики, проводилась работа в рамках осуществления национального проекта «Здоровье». Благодаря Программе модернизации здравоохранения, Центральная городская клиническая больница буквально поднялась на новый уровень: приобретено современное оборудование, открыты новые клинические отделения в стационаре (кардиологическое, нейрохирургическое и др.), неузнаваемо изменились клинико - диагностическая лаборатория и отделение переливания крови. Больница получила статус клинической и проводит большую работу по подготовке будущих врачей и среднего медицинского персонала.
С 2014 года Государственное бюджетное учреждение здравоохранения Калининградской области «Центральная городская клиническая больница» возглавлял
Сергей Иванович Куликов, с 2018 года -
Сергей Николаевич Литвиненко. В 2021 году региональным минздравом в структуру больницы введена должность директора. Учреждение возглавил главный внештатный специалист по лучевой и инструментальной диагностике министерства здравоохранения Калининградской области, кандидат медицинских наук
Станислав Юрьевич Ким. В марте 2023 года должность директора упразднена, исполняющим обязанности главного врача назначен
Иван Дмитриевич Саблин.